El INTA construye su agenda de innovación bajo los lineamientos que establece el Plan Nacional de Desarrollo Humano, políticas sectoriales y orientaciones emanadas del Gobierno Central. Con este marco, el contenido se estructura con elementos que se obtienen a diferentes niveles de participación de la sociedad. El primer nivel el Sistema Nacional de Producción Consumo y Comercio, en los espacios de concertación con los sectores en donde recoge el interés que en materia tecnológica se plantea. En el territorio en los Núcleos de Innovación Tecnológica Territorial (NIT), se identifican problemas para la investigación y demandas para la transferencia y se establecen alianzas para la ejecución. La agenda territorial se complementa con información que resulta de las Fincas de Innovación Tecnológica (FIIT), en donde el propietario de la Finca y los integrantes de su núcleo de innovación, participan en los procesos de investigación y transferencia de tecnologías. La investigación se orienta a la generación de tecnologías con un modelo de agricultura familiar agroecológico, diversificado y adaptado al cambio climático para mejorar la productividad de los rubros más importantes para la economía y la seguridad alimentaria.